La flore cutanée se présente sous 2 formes.

Flore résidente : est constituée par des germes commensaux dans les couches superficielles et profondes composés de bactéries aérobies (cocci gram +).
Elle varie quantitativement et qualitativement et se renouvelle régulièrement.
La flore résidente a une faible virulence mais un geste invasif peut la modifier et induire un processus infectieux.

Flore transitaire ou superficielle est formée de bactéries saprophytes le plus souvent issues de l’environnement (eau, plantes…). Elle peut aussi être composée de bactéries pathogènes ou commensales des patients soignés.
Elle varie dans la journée, selon les activités et en fonction des variations de l’environnement extérieur, reflétant l’écosystème microbien hospitalier y compris les flores multi résistantes ; plus particulièrement, des bactéries gram - (entérobactéries, pseudomonies, bactéries gram + (cocci, staphylococcus aureus, streptococcus)). Certaines études montrent des gram – chez 21% des personnes.

20 à 40% des infections nosocomiales sont dues à une transmission manuportée.