Il existe deux méthodes pour désinfecter : une méthode thermique et une méthode chimique.

La désinfection thermique : elle permet à 80% une désinfection totale en quelques minutes en tuant tous les germes sous forme végétative y compris les staphylocoques.

La désinfection chimique : la désinfection chimique demande certaines précautions car le produit pour désinfecter les objets ou surfaces peut être irritant ou toxique, il faut donc protéger le personnel qui l’applique et s’assurer que le danger disparait après son utilisation.
La désinfection des eaux demande un produit dépourvu de toxicité.
Il faut un contact minimum de 5 à 10 minutes pour les bactéries végétatives plus pour les spores bactériennes.
Pratiquer un nettoyage mécanique préalable permet de détacher un certain nombre de souillures raccourcissant, ainsi, le temps de désinfection ultérieur de la surface.